1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
|
diff --git a/molrep_check/em.bat b/molrep_check/em.bat
index 2f0f992..96ddd75 100755
--- a/molrep_check/em.bat
+++ b/molrep_check/em.bat
@@ -8,6 +8,8 @@ $MR_TEST/molrep -m ../em/model.pdb -f ../em/pel.map -po out/ -ps scr/ -i <<stop
# --------------------------------
_NMON 6
stop
+echo $?
+[[ $? ]] || exit 1
# --------------------------------
#
# 2. Atomic model --> EM map
@@ -20,6 +22,7 @@ $MR_TEST/molrep -m ../em/model.pdb -f ../em/pel.map -po out/ -ps scr/ -i <<stop
_NMON 6
_prf y
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# --------------------------------
#
# 3. Atomic model --> EM map
@@ -36,6 +39,7 @@ _ncs 322
_centre 0.500 0.490 0.490
_angles 0.0 0.0 90.0
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# --------------------------------
#
cp out/molrep.pdb hexamer.pdb
@@ -52,6 +56,7 @@ $MR_TEST/molrep -mx hexamer.pdb -f ../em/pel.map -po out/ -ps scr/ -i <<stop
# --------------------------------
_DOM s
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# --------------------------------
#
# 5. EM --> X-ray
@@ -60,6 +65,7 @@ stop
$MR_TEST/molrep -f ../em/p2.cif -m ../em/pel.map -po out/ -ps scr/ -i <<stop
# --------------------------------
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# --------------------------------
#
# 6. Placing the model to a particular orientation and position.
@@ -72,4 +78,5 @@ $MR_TEST/molrep -f ../em/p2.cif -m ../em/pel.map -po out/ -ps scr/ -i <<stop
_fun s
_file_t ../em/tab
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#==========================================
diff --git a/molrep_check/mr.bat b/molrep_check/mr.bat
index 284a4cd..6e00695 100755
--- a/molrep_check/mr.bat
+++ b/molrep_check/mr.bat
@@ -10,6 +10,7 @@
$MR_TEST/molrep -f ../data/test.mtz -m ../data/test_mod.pdb -po out/ -ps scr/ -i <<stop
# --------------------------------
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#
# =================================================================
#
@@ -26,6 +27,7 @@ _nmon 2
_COMPL .5
_SIM .7
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#
# =================================================================
#
@@ -46,6 +48,7 @@ $MR_TEST/molrep -f ../data/test.cif -m ../data/test_mod.pdb -mx ../data/test_mod
# --------------------------------
_NP 3
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#
# =================================================================
#
@@ -67,6 +70,7 @@ $MR_TEST/molrep -f ../data/test.cif -m ../data/test_mod.pdb -po out/ -ps scr/ -i
_NMON 2
_NP 3
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#
# =================================================================
#
@@ -85,6 +89,7 @@ _NPT 3
_NPTD 3
_DYAD D
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#
# =================================================================
#
@@ -103,6 +108,7 @@ _NP 3
_NPT 10
_NMR 3
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#
# =================================================================
#
@@ -118,6 +124,7 @@ _PRF Y
_compl 1.
_sim .2
stop
+[[ $? ]] || exit 1
#
# =================================================================
#
@@ -136,6 +143,7 @@ _ph PH
_fom FOM
#
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# =================================================================
#
# 9. use sequence
@@ -145,6 +153,7 @@ stop
$MR_TEST/molrep -f ../data/s100.mtz -m ../data/monomer.pdb -s ../data/s100.seq -po out/ -ps scr/ -i <<stop
# --------------------------------
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# =================================================================
#
# 10. Locked RF
@@ -157,6 +166,7 @@ _lock y
_file_tsrf ../data/srf.tab
_nsrf 1
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# =================================================================
#
# 11. Multi-monomer search using NCS, SELF = 'A' means to compute Self RF and
@@ -169,6 +179,7 @@ $MR_TEST/molrep -f ../data/s100.mtz -m ../data/monomer.pdb -m2 ../data/monomer.p
_self a
_nsrf 1
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# =================================================================
#
# 12. use pst
@@ -179,6 +190,7 @@ $MR_TEST/molrep -f ../data/pst.mtz -m ../data/model_pst.pdb -po out/ -ps scr/ -i
# --------------------------------
#
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# =================================================================
#
# 13. space group check
@@ -189,7 +201,8 @@ $MR_TEST/molrep -f ../data/test.mtz -m ../data/test_mod.pdb -po out/ -ps scr/ -i
# --------------------------------
_sg all
#
-stop
+s[[ $? ]] || exit 1
+top
# ==========================================================
#
# 14. Example for finding HA position by MR solution.
@@ -206,6 +219,7 @@ _SIGFD SIGFD3
#
_FUN d
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# ==========================================================
#
# 15. Example for HA search by multi-copy search
@@ -225,6 +239,7 @@ _diff h
_dyad y
_nmon 4
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# ==========================================================
#
# 16. Example HA for search by translation function
@@ -242,6 +257,7 @@ _FUN t
_diff h
_nmon 4
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# ==========================================================
#
# 17. Example for Self RF for Heavy Atom structure in derivative.
@@ -258,4 +274,5 @@ _SIGFD SIGFD3
_FUN r
_diff h
stop
+[[ $? ]] || exit 1
# ==========================================================
|
